Россия кое-что потеряла в результате данного договора. Однако территориальные уступки были весьма незначительными. Общая площадь земли, которую в подобном порядке уступили страны, составляет 128,6 га, а также Россия и Эстония уступили друг другу по 11,4 кв. км поверхности озер. В целом же определенная сегодня граница мало чем отличается от своего предыдущего начертания. Общая ее длина определена в 460,6 км, причем сухопутная граница составляет всего лишь 138 километров.

Также в документе определены и фарватеры для российских и эстонских судов на Чудском озере. Россия получила ту часть озера, где есть выход в реку Нарва, а Эстония – в районе острова Пийрисаар. Подписание договора о сухопутной границе позволило урегулировать так называемую проблему "Саатсеского сапога". Это участок российской территории площадью 115,5 га, по которому проходит эстонская автомобильная дорога. Отныне он сменит свой государственный статус и перейдет к Эстонии, а Россия взамен получит участки земли в районе волостей Меремяэ и Вярск.

Урегулирование вопроса о границе между Россией и Эстонией имеет достаточно долгую историю. К первым соглашениям по данному вопросу странам удалось прийти еще в ноябре 1996 года. Затем после дополнительных обсуждений и внесения ряда поправок текст был повторно ратифицирован три года спустя. Затем тексты были направлены на рассмотрение парламентам государств. Лишь в этом году Таллин дал свое окончательное согласие на подписание.

Эстония стала второй прибалтийской республикой, с которой у России окончательно решен вопрос о государственной границе. Аналогичный договор с Литвой был подписан в 1997 г., а ратифицирован в 2003 году. Следовательно, единственной страной, с которой Россия не имеет договора о границе, остается Латвия. С ней российский МИД продолжает переговоры по этому вопросу.